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标题: Cryo-EM 初学者入门书籍和视频（慢慢整理中） [打印本页]

作者: Somnus8805 时间: 2017-6-17 13:32
标题: Cryo-EM 初学者入门书籍和视频（慢慢整理中）
本帖最后由 Somnus8805 于 2017-6-29 22:43 编辑

欢迎大家提供补充：【本楼层会归纳整理后续新楼层的推荐】【类别会慢慢改进～】

书籍【仅用于学习交流，下载后请于24h内删除，禁止外传以及用于商业活动】：

冷冻电镜相关书籍：
《Three-Dimensional Electron Microscopy of Macromolecular Assemblies》by Joachim Frank
链接: https://pan.baidu.com/s/1i5qVDuX 密码: 2d9s

冷冻电镜基本原理书籍：
《Diffraction Physics》Third Revised Edition by John M.Cowley
链接: https://pan.baidu.com/s/1dFxPvW1 密码: 2s9f

《电子衍射物理教程》 by 王蓉
链接: https://pan.baidu.com/s/1bBS1WE 密码: idj7

《电子晶体学与图像处理》by 李方华
链接：

视频：

冷冻电子显微镜（Cryo-EM）入门 by 加州理工学院 Grant J.Jensen

链接：https://www.coursera.org/learn/cryo-em

Eva Nogales 的视频：

链接：https://www.youtube.com/watch?v=nkGRhYv01ag

MRC Lectures:
链接：ftp://ftp.mrc-lmb.cam.ac.uk/pub/scheres/EM-course

NRAMM Workshops:
链接：http://nramm.nysbc.org/workshops/

NRAMM videos:
链接：https://www.youtube.com/channel/UCgd1dW4HQ_yvpRjFc670htw

CCPEM symposium:
链接：https://sas.stfc.ac.uk/vportal/

Good reviews：

"A primer to single-particle cryo-electron microscopy." https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25910204
"Structural analysis of macromolecular assemblies by electron microscopy." https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21919528

Advances in Cryo-EM related books：

Cryo-EM Part A-C & Recent advances in cryo-EM (Methods in Enzymology)
链接： http://www.sciencedirect.com/science/bookseries/00766879/481
         http://www.sciencedirect.com/science/bookseries/00766879/482
         http://www.sciencedirect.com/science/bookseries/00766879/483
         http://www.sciencedirect.com/science/bookseries/00766879/579

作者: Ming 时间: 2017-6-23 23:29
Online video course

MRC Lectures:
ftp://ftp.mrc-lmb.cam.ac.uk/pub/scheres/EM-course

NRAMM Workshops:
http://nramm.nysbc.org/workshops/

Good reviews
"A primer to single-particle cryo-electron microscopy." https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25910204
"Structural analysis of macromolecular assemblies by electron microscopy." https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21919528

作者: Jack_Zhang 时间: 2017-6-27 00:26
Structural analysis of macromolecular assemblies by electron microscopy.这篇文章总结的非常详细到位，是非常好的入门材料。
不过我个人不太同意其中关于三维重构的分类。文章将三维重构分为“实空间”和“傅里叶空间”，其实从纯粹数学的抽象观点而言，在没有量纲以及没有应用前提的条件下，你根本不知道目标信号是“实空间“还是“傅里叶”空间，这只是两个对偶的空间而已，我们定义蛋白质密度图为“实空间”，这只是人为习惯而已。实际上，背投影系列（直接背投影、加权背投影、滤波背投影、卷积背投影）和傅里叶系列重构是等价的，都属于“分析型”算法，只不过是在两个对偶的空间进行处理而已。而解线性方程组的代数迭代类（ART，SIRT，SART等）则有本质不同，不能以为是在“实空间”处理，而划分为“实空间”算法。正确的划分为“分析类”和“迭代类”两大类，每一类又衍射出若干子类等等。

作者: Zheng_Liu 时间: 2017-6-27 23:56

Jack_Zhang 发表于 2017-6-27 00:26
Structural analysis of macromolecular assemblies by electron microscopy.这篇文章总结的非常详细到位， ...

这篇文章的作者在London，有过当面交流吗？我看过他们写了不少方法介绍，综述性的文章。
他们综述的角度，有时候与他们自己的知识背景有关系。

作者: Jack_Zhang 时间: 2017-6-28 20:43

Zheng_Liu 发表于 2017-6-27 23:56
这篇文章的作者在London，有过当面交流吗？我看过他们写了不少方法介绍，综述性的文章。
他们综述的角度 ...

其实这样划分对生物学家而言是没有任何问题的，这样划分看起来也挺“具体”，而且也没有必要了解那么多，具体应用的时候不过就是几个button选择一下而已。只是我觉得如果作为理解深入的原理，还有必要从更高的抽象层次来分类，这样overall的思路更加清晰。我多年前参加过他们的workshop，没有细聊过这些。

作者: Ming_BioEM 时间: 2017-6-29 00:01
版主辛苦了，对学习电镜原理和发展历程非常有帮助，持续关注！

作者: Jyfhat123 时间: 2017-6-29 09:34
NRAMM videos:
https://www.youtube.com/channel/UCgd1dW4HQ_yvpRjFc670htw

CCPEM symposium:
https://sas.stfc.ac.uk/vportal/

Cryo-EM Part A-C & Recent advances in cryo-EM (Methods in Enzymology)
http://www.sciencedirect.com/science/bookseries/00766879/481
http://www.sciencedirect.com/science/bookseries/00766879/482
http://www.sciencedirect.com/science/bookseries/00766879/483
http://www.sciencedirect.com/science/bookseries/00766879/579

作者: Jack_Zhang 时间: 2017-6-29 17:00
辛苦各位了，太棒了！

作者: zyu 时间: 2017-6-30 03:27
这个帖子最好能够置顶

作者: Somnus8805 时间: 2017-6-30 11:04

zyu 发表于 2017-6-30 03:27
这个帖子最好能够置顶

已经置顶了

作者: Somnus8805 时间: 2017-6-30 11:04

zyu 发表于 2017-6-30 03:27
这个帖子最好能够置顶

已经置顶了

作者: Somnus8805 时间: 2017-6-30 11:04

zyu 发表于 2017-6-30 03:27
这个帖子最好能够置顶

已经置顶了

作者: 974812895 时间: 2017-7-10 08:03
感谢各位前辈的付出，赞一个

作者: 974812895 时间: 2017-7-10 08:05
所里没有买SD的数据库，不知道论坛里有没有人手头就有这系列书的电子版，如果能分享在论坛里，那对我们的帮助太大了。
Cryo-EM Part A-C & Recent advances in cryo-EM (Methods in Enzymology)
链接： http://www.sciencedirect.com/science/bookseries/00766879/481
         http://www.sciencedirect.com/science/bookseries/00766879/482
         http://www.sciencedirect.com/science/bookseries/00766879/483
         http://www.sciencedirect.com/science/bookseries/00766879/579

作者: Zheng_Liu 时间: 2017-7-11 14:05
还是看不到13楼啊.

作者: Jack_Zhang 时间: 2017-8-19 01:16
后面可以再继续分享一些Ecryo-EM领域经典的paper。

作者: ph101LOVE 时间: 2017-9-9 18:19
首先，非常感谢您对分享，对我帮助很大，我是一个初学者，刚开始有关学习冷冻电镜的知识，但您这里的冷冻电镜的视屏，我看不了，不知道为什么？希望您能回复我，真的非常谢谢您

作者: ph101LOVE 时间: 2017-9-9 18:20
首先，非常感谢您对分享，对我帮助很大，我是一个初学者，刚开始有关学习冷冻电镜的知识，但您这里的冷冻电镜的视屏，我看不了，不知道为什么？希望您能回复我，真的非常谢谢您

作者: ph101LOVE 时间: 2017-9-11 21:29

Jyfhat123 发表于 2017-6-29 09:34
NRAMM videos:
https://www.youtube.com/channel/UCgd1dW4HQ_yvpRjFc670htw

您好，这本书您有电子版的吗

作者: ph101LOVE 时间: 2017-9-11 21:31

Jyfhat123 发表于 2017-6-29 09:34
NRAMM videos:
https://www.youtube.com/channel/UCgd1dW4HQ_yvpRjFc670htw

这里的视屏也看不了，要翻墙吗

作者: Zheng_Liu 时间: 2017-9-13 02:48
这个是在youtube上。大陆好像不能方便访问。

作者: Mentalist 时间: 2017-10-11 09:51
非常感谢各位Dr.！

作者: Bill_Shankly 时间: 2018-3-13 23:55
好好好的帖子！！！！

欢迎光临 Bio3DEM (http://www.bio3dem.com/)