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标题: Re-center the domain [打印本页]

作者: zzh8084 时间: 2017-8-11 20:30
标题: Re-center the domain
本帖最后由 zzh8084 于 2017-8-11 20:43 编辑

问：大家好，请教一个关于re-center和re-extract的问题，如何把complex中要计算的部分certer出来，star_recenter_tailXY.com脚本里的tail_center.txt是如何得到的，还有没有其他的方法center the domain呐？谢谢

答：star_recenter_tailXY.com这个脚本是在2D class average上面做的，需要手动把classification sub-classification的目标密度标记出来。
选中目标2D average，用star_extract_class.com脚本把每一个class 对于的particle的star文件（文件 A）和class average文件抽出来。用star_stack_create.com把class average 的star文件生成2D mrc stack. 把MRC stack 用imod 打开，点每一个2D的目标密度中心，一个2D对于一个坐标（X, Y）。假如选出了50个，就把这50个2D的中心写成两列，第一列X，第二列Y，共计50行的中心坐标文件（文件B），必须按先后顺序对应。然后对文件A 和B运行脚本star_recenter_tailXY.com。得到两批文件，一批为recentered particle stack，文件后缀为 _${suffix}.mrcs （文件C）；另一批为particle star文件（文件D），和文件C按前缀一一对应。最后你可能得稍微对C进行操作，把它clip成新的box 大小。可以直接在脚本上加一行就行，用imod 中的clip resize功能，挺好用。
对重构后的3D，这个脚本不行。得用http://www.mrc-lmb.cam.ac.uk/kzhang/useful_tools/scripts/re_extract_local.com
这个里面调用的几个程序，有的是Relion的，有的是我自己写的，我都放在这里了http://www.mrc-lmb.cam.ac.uk/kzhang/useful_tools/ 你找找应该都有，如果没有及时联系

来自微信群"cryo-EM技术方法”聊天记录

作者: zzh8084 时间: 2017-8-12 00:03
您说的class average文件指的是什么文件，是每个组的particle_data.star文件吗？"用star_stack_create.com把class average 的star文件生成2D mrc stack."这里的class average 的star文件是？

作者: xmq234 时间: 2017-8-14 17:17
能否分享下群号是多少啊，想入群……………………

作者: zzh8084 时间: 2017-8-15 16:18

xmq234 发表于 2017-8-14 17:17
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500人群，早就满了，您关注论坛吧，志愿者们会及时把群里有用的讨论信息发到论坛的

作者: Jack_Zhang 时间: 2017-8-17 02:33

xmq234 发表于 2017-8-14 17:17
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我们最近刚建了一个cryo-EM技术方法2群，只接受邀请入群。如果需要入群，请加我微信，并注明姓名+机构+大致研究方向。http://www.mrc-lmb.cam.ac.uk/kzhang/

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